因應我國產業發展及實務需要，以提供生物技術相關產業優質之發展空間，活化企業智財，並健全專利審查機制以及專利權之保護，經濟部智慧財產局經綜合檢討，並持續觀察國際專利法制之變遷及發展趨勢，歷經長期研擬，召開23場公聽會廣泛諮詢各界及相關機關、學者專家意見後，擬具「專利法修正草案」，共計修正162條(修正108條，增訂39條，刪除15條)。該草案經行政院會討論通過後，已於98年12月11日送請立法院審議。立法通過後，預計將對生物技術、綠色能源及精緻農業等政府致力推動之六大新興產業大有助益，並使我國專利制度產生重大變革。
本次主要修正方向如下：
(1)配合產業發展需要開放動植物專利：
關於動、植物相關發明可否獲得專利保護，各國專利法規定不一。我國自1980年代起，即將生物科技列為重點發展項目，並逐年擴大研發投入，相關的基因改造科技研發與應用活動，業已展開多年。為使相關法規與管理機制，能即時跟上科技與產業發展的腳步。爰依據行政院科技顧問組指示，參考美、日、韓、澳洲及歐盟等國之相關規定，修正專利法相關規定，全面開放動、植物作為發明專利之標的。此外，並配合明定動、植物專利權利耗盡之範圍，以及農民免責等規定，以兼籌並顧科技創新、產業發展、經濟利益、生態維護與國民健康等多元利益及目的。
未來台灣農業生物技術研發成果，例如基因改良的木瓜、番茄、青花菜、水稻、蘭花和魚蝦水產等，將可獲得專利保護，不僅可鼓勵農業生物科技之研發，並有助於研發成果透過授權而廣泛應用，從而提高農產品附加價值。
(2)增訂並修正專利權效力不及之事項：
為釐清並促進發明之改良或創新及學名藥之發展，本次修法特明訂非出於商業目的之未公開行為、以研究或實驗為目的實施發明之必要行為、為取得藥事法所定藥物查驗登記或國外藥物上市許可而從事之研究、試驗及相關必要行為，皆為專利權效力所不及。另為保護善意第三人，本次修法亦參考歐洲專利公約規定，排除在原專利權消滅至公告回復權利前實施專利權之善意第三人於專利權效力範圍以外。
(3)推動國際調合增訂公共衛生議題之規定：
配合世界貿易組織(以下簡稱WTO)為協助開發中國家及低度開發國家取得治療愛滋病、肺結核、瘧疾及其他染病之專利醫藥品，以解決其國內公共衛生危機，本次專利法修正草案中，依據WTO杜哈部長宣言以及總理事會決議，增訂有關公共衛生議題之規定，並明定適用本機制申請強制授權的範圍及相應之配套措施。
(4)強制授權規定周延化：
為使專利強制授權之機制更為周延，草案中除將「特許實施」之用語修正為「強制授權」以使用語符合所欲規範之概念外，另亦區分強制授權之事由，適用不同之處理程序。因此，在面臨國家緊急危難或其他重大緊急情況，如禽流感、H1N1大肆流行，而我國無法取得足夠之必要用藥時，專利專責機關應依緊急命令或需用專利權之中央目的事業主管機關之通知而強制授權所需用之專利權外，因其餘事由而申請強制授權時，仍必須經專利專責機關認有強制授權之必要時，始得准其強制授權之申請。
至於外界所關注「申請人曾以合理之商業條件在相當期間內仍不能協議授權」作為得特許實施之事由之適當性部分，經參考與貿易有關之智慧財產權協定（TRIPS）內容、各國規定、學界意見與我國實務運作情況，為免法規適用上與反競爭之強制授權產生解釋及適用上之重疊，以及弱化專利法所賦予專利權人排他專屬權之疑慮，爰排除單純因當事人間無法協議授權作為強制授權之事由，並明定須與公益之非營利使用、再發明等事由連結，以作為強制授權之依據。
(5)提昇專利權人權益保障：
為強化專利人權益保障，修法草案導入「復權機制」。針對申請人或專利權利人非因故意，未於申請專利同時主張優先權，或未依時繳納專利年費而導致喪失專利權者，增訂可申請回復專利之機制。此外，亦修正補正優先權證明文件之法定期限，以及擴大優惠期主張之適用範圍，包含新穎性及進步性等。
(6)擴大設計專利保護範圍：
「新式樣」專利改為「設計」專利，依現行規定，新式樣專利保護之創作必須是完整之物品外觀之形狀、花紋、色彩或其結合之設計，若設計包含多數新穎特徵，而他人只模仿其中一部份特徵時，就不會落入新式樣專利所保護之權利範圍，而無法周延保護此類設計專利。為強化設計專利之保護，並因應國內產業界在成熟期產品開發設計之需求，本次修法參考日本、韓國及歐盟設計法之規定，將部分設計「成組物品」及衍生設計納入設計專利保護之範圍。另為配合國際設計保護趨勢及促進電子資訊產業發展，此次修法打破原有設計專利保護必須為三度空間物品的概念，將電腦圖像(icons)、圖形化使用者介面(GUI)納入專利保護範圍，以強化對於設計成果之保護。
（7）強化專利權保護，修正專利侵權相關規定：
為統整司法實務上於專利侵權訴訟時，適用專利法見解不一致之情形，同時避免專利法與民法、民事訴訟法等相關規定之疊床架屋，本次修正就專利侵權相關規定作全面之檢視與修正。
首先，針對專利侵權行為之成立是否以行為人主觀上具有故意或過失為要件部分，現行法中並未明定，以致司法實務上對此見解上的不一致。為避免適用上之疑義，本次修法，區分民事救濟之態樣，明定「排除、防止侵害」之類型，不以行為人主觀上有故意或過失為必要；「損害賠償」類型，則須以行為人主觀上有故意或過失為必要。
再者，為適度免除專利權人舉證其損害數額之負擔，草案另參考美國、日本與大陸專利法，增訂得以合理權利金作為損害賠償計算方式，作為法律上合理之補償底限。此外，針對現行專利標示規定所致司法實務上所產生「未附加標示者，不得請求損害賠償」之疑問，本次修正除刪除此部分易造成誤解之文字外，並參考美國、英國等之規定，修正專利標示之方式以於專利物上標示為原則，不能於物上標示時，得於標籤、包裝或以其他足以引起他人認識之顯著方式標示，以因應專利物因體積過小、散裝出售或性質特殊而只適宜於專利物本身或其包裝標示之情況。
隨著知識經濟崛起，無形的智慧財產權已取代傳統資產，成為企業管理及國家發展的重要資源。因此，協助產業創新研發，提升國家整體競爭力，已成為政府當前之首要目標。近年來政府鼓勵創新研發、對於推動落實智慧財產權保護格外重視，尤其是專利權，更是促進社會進步及產業競爭之首要利器，與科技發展及國家競爭力息息相關，亦為衡量國家現代化程度之重要指標。專利法修正草案，與政府致力推動六大新興產業中，有關生物技術、綠色能源及精緻農業等產業之發展，至為攸關，對於提升我國經濟實力及產業競爭力，將有重大助益。經濟部將會加強向立法院各黨團溝通說明，以期早日完成專利法的立法程序。
